《御伽草子》是一部融合历史与奇幻的动画作品，分为“平安篇”和“东京篇”两部分。平安时代中期，饥荒与疫病肆虐，平安京日渐衰落。朝廷派遣名将源赖光寻找传说中的勾玉以拯救百姓，但赖光因病倒下，其妹光源女扮男装代替哥哥踏上旅程。她与家臣渡边纲一同前往常陆国，途中结识名将碓井贞光，并与阴阳师安倍晴明（化名万岁乐）产生淡淡情愫。然而，勾玉实为权臣的阴谋，其力量不仅无法拯救京城，反而会带来毁灭。最终，光源选择自我牺牲，毁坏勾玉以阻止灾难。东京篇则设定在2004年，高中生光源因父母离世成为公寓房东，与一群奇特的房客共同生活。她偶然在东京街头发现疑似失踪哥哥的身影，逐渐卷入前世今生的纠葛，勾玉的秘密再次浮现。