数码宝贝tri.的故事发生在初代被选召孩子们冒险结束的六年后。随着神秘数码兽古加兽突然出现在人类世界并引发骚乱，已经成长为高中生的八神太一和伙伴们再次集结。当亚古兽等搭档数码兽重新现身时，众人发现数码世界正遭受未知病毒感染，导致数码兽失控暴走。与此同时，新角色望月芽心和她的数码兽成为关键线索。为了查明真相并拯救两个世界，太一等人不得不重新踏上冒险征程，面对全新的危机与挑战。在战斗过程中，他们不仅要对抗被感染的数码兽，还要直面成长带来的责任与抉择，数码宝贝与人类伙伴的羁绊也将在这次冒险中得到新的升华。