《舰在亚丁湾》讲述了海军舰长肖伟国率领编队奔赴亚丁湾执行护航任务的故事。与此同时，他的妻子龚新华担任家属委员会主任，面对军嫂们的不同生活选择，如杨灵儿开饭馆、周韵参加模特大赛、欧阳春追求外企高薪拒绝生育，龚新华与老同学曹冰冰因工作和私人问题产生了一系列冲突。曹冰冰是舰长韩世杰的妻子，担任区委办公室主任，与龚新华的工作交集频繁，两人之间的矛盾逐渐加深。与此同时，肖伟国的痴呆老父亲常常误认曹冰冰家为自己的家，进一步加剧了龚新华与曹冰冰的冲突。另一边，毛大华带领队员深入研究索马里海盗中的强劲对手“黑鲨”，在多次险情中展现出中国海军的专业与勇气，最终赢得了对手的尊敬。剧中通过军人及其家属的日常生活，展现了新时代解放军保家卫国的决心以及军属们默默付出的牺牲。