《灰体》讲述了在蒸汽文明高度发达的人类王国中，资源枯竭促使人类向北方的广阔土地扩张。然而，北方的动物因食用“智慧果实”而诞生智慧，自称“灵”，并以强大实力压制了人类的扩张，双方陷入持续冲突。GD0113年，“红河之战”爆发，神秘势力突然介入，屠杀双方军队，迫使人类退守“叹息之渊”以南。GD0137年，人类王国东部小镇“约克镇”出现大批居民死亡事件，尸体长出黑色花朵，幸存者遭到血液怪物追杀。少年尼尔与机器人G逃往圣文迪斯求救，却发现黑色花朵瘟疫在城内蔓延，逃生之路被封死。尼尔被卷入这场恐怖漩涡，直面世界的残酷真相。