《弹丸论破3 绝望篇》讲述了私立希望之峰学园第77期本科生的故事。这所学园汇集了各个领域超一流的高中生，分为拥有超高校级才能的“本科”和支付高额学费即可入学的“预备学科”。第77期本科生们不仅才华横溢，性格也各具特色。他们在学园生活中逐渐领悟到，人生中最重要的并非才能，而是在与人交流中磨砺人格、创造回忆。然而，随着一项神秘计划的展开，学园内部的学科差别问题逐渐激化。预备学科的学生日向创渴望才能，并与本科生产生了命运的相遇。这场相遇将学园和未来引向了无法预测的方向，最终引发了“人类史上最大最恶性的绝望性事件”。这是绝望降临之前的故事，也是以绝望结束的希望之歌。