在《新世纪福音战士新剧场版3.33：Q》中，故事延续了《破》的剧情，但时间已过去14年。碇真嗣从沉睡中苏醒，发现自己身处一个陌生的世界。NERV的葛城美里领导的反NERV组织WILLE试图阻止碇源堂的人类补完计划。真嗣得知自己驾驶EVA初号机引发的第三次冲击导致世界陷入毁灭，而他被指控为罪魁祸首。与此同时，明日香以独眼形象回归，驾驶改二号机与使徒战斗。真嗣在迷茫中试图寻找真相，却发现昔日伙伴的态度发生了巨大变化。绫波丽的身份依旧神秘，而真希波·玛丽的出现也为剧情增添了新的变数。真嗣在各方势力的角力中逐渐意识到，自己必须面对过去的错误，并做出新的选择。故事在紧张的战斗与人物的情感纠葛中展开，揭示了人类补完计划的更深层阴谋。