幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心成为令人闻风丧胆的“拔刀斋”，执行暗杀任务。然而，在遇到温柔的雪代巴后，剑心的内心开始动摇。雪代巴的出现让剑心逐渐意识到杀戮并非唯一的道路，他开始反思自己的所作所为。然而，命运弄人，雪代巴的未婚夫清里明良正是剑心曾经杀害的目标之一。随着真相逐渐浮出水面，剑心与雪代巴的关系陷入复杂的纠葛之中。最终，雪代巴为了保护剑心而牺牲自己，剑心也因此彻底改变，决心不再以杀戮为手段，转而成为守护者。这段刻骨铭心的经历成为剑心一生的转折点，也让他走上了赎罪与守护的道路。