《EVA 新世纪福音战士剧场版：死与新生》分为“死”与“新生”两部分。“死”篇是对TV版动画124集的重新剪辑，回顾了故事的主要情节：少年碇真嗣被父亲碇元渡召唤到第3新东京市，被迫驾驶巨大人型兵器EVA初号机对抗神秘生物“使徒”。在战斗中，他结识了冷酷的驾驶员绫波丽与自信的惣流·明日香·兰格雷，逐渐面对自己的内心与命运。“新生”篇则承接TV版第24集后的剧情，第十七使徒被消灭后，SEELE组织向NERV下达了最终指令，NERV内部矛盾激化，碇元渡的秘密计划逐渐浮出水面。真嗣与同伴们再次被卷入新的战斗，面对人类补完计划的真相与自身的命运抉择。故事在紧张的战斗与深刻的哲学思考中展开，展现了人类与使徒之间的终极对决。