《亡念之扎姆德》講述了一個被油泥海包圍的小島——尖端島上發生的奇幻故事。主人公竹原明之與母親生活在這座島上，某天他與好友春及古市在上學途中被捲入爆炸事件，明之觸碰到神秘光線後變成了名為扎姆德的怪物。紅髮少女娜琪亞美阻止了扎姆德的石化，並將明之帶上國際郵船贊巴尼號，幫助他控制扎姆德的力量並尋找回家的路。與此同時，尖端島的駐軍將領開始研究人形兵器，試圖獲取扎姆德的力量。明之的好友春和古市加入軍隊，但古市因成為扎姆德而迷失自我，最終被明之擊敗。明之在尋找自我的過程中受傷失憶，娜琪亞美帶著扎姆德少年楊格回到故鄉。春為尋找明之脫逃軍隊，最終幫助明之找回自我。尖端島上的人形兵器實驗導致春的妹妹綠被改造，但最後被明之持有的疫苗救回。最終，明之與娜琪亞美合作封印了希洛肯皇帝的黑暗靈魂，娜琪亞美沉睡千年，明之化為石頭。九年後，春來到明之化石的海邊，等待她的是一個未知的未來。