《超时空要塞 Frontier》的故事发生在公元2059年，人类为了延续种族，开始了银河播种计划，寻找可居住的行星。超长距离移民船团Macross Frontier航行于银河系中心附近，载有千万人。船团上的居民们过着平静的生活，直到邻近的21番移民船团Macross Galaxy的现役偶像歌手雪露·诺姆来到Frontier举行演唱会。与此同时，热爱唱歌的少女兰花·李在前往演唱会的途中邂逅了飞行员候补生早乙女有人，三人的命运从此交织在一起。然而，Frontier突然遭遇不明敌人的强力攻击，船团陷入了前所未有的危机。面对强大的敌人和未知的威胁，早乙女有人、雪露·诺姆和兰花·李将如何应对？新的Macross物语就此展开，人类的命运再次面临严峻考验。