《东京猫猫》讲述的是普通中学生桃宫莓在与心仪的男生青山约会时，意外卷入一项实验，被导入了山猫的DNA，并获得了变身为“莓猫”的能力。随后，她被神秘男子白金委托，与其他四位同样被注入稀有动物DNA的少女组成东京猫猫队，对抗异形怪兽。五位成员平日隐藏在喵喵咖啡馆中，一边做服务生，一边收集情报。她们的DNA来自濒危动物，目的是为了保护地球的生物多样性。随着剧情的发展，她们不仅要面对怪兽的威胁，还要揭示外星人企图毁灭人类的阴谋，并阻止他们的计划。东京猫猫队通过团队合作与勇气，逐渐成长为守护地球的重要力量。