《Under The Dog》的故事發生在近未來的世界，日本政府在東京沿岸設立了一個特別管制區，表面上是作為經濟特區的實驗都市，但實際上卻暗藏玄機。在這個特區的一所國際學校中，政府秘密培養了一批名為“UNDER THE DOG”的特殊暗殺部隊。這支部隊由七名被稱為“Flowers”的少男少女組成，他們各自擁有常人無法想像的特殊能力，替政府在世界各地執行暗殺任務。故事圍繞著主角冬月花及其同伴展開，他們在執行任務的過程中逐漸揭開了政府的陰謀，並面對內心的掙扎與抉擇。在危險與背叛的邊緣，他們必須做出選擇，是繼續為政府效命，還是反抗命運，尋找屬於自己的道路。