《剧场版 Free!Timeless Medley》讲述了七濑遥与他的伙伴们在3.11东日本大震灾后的故事。遥曾因对水的热爱而放弃游泳，但在岩鸢高中与好友橘真琴重逢后，他逐渐找回了对游泳的热情。与此同时，他与后辈叶月渚、龙崎怜等人建立了深厚的友谊。在高中最后的夏天，他们决定为彼此而游泳，迎接人生的重要时刻。然而，突如其来的震灾和海啸打破了平静的生活，带来了巨大的破坏与精神冲击。面对核电站事故、政治动荡与文化反思，遥与伙伴们不得不重新审视自己的人生与未来。通过与前辈、专家和朋友们的交流，他们逐渐找到了前进的方向，决心在困境中坚持下去，共同面对未来的挑战。影片通过他们的故事，反映了日本社会在灾后的反思与重建，展现了友情与希望的力量。