《蜂蜜与四叶草II》延续了第一季的故事，讲述了美大学生竹本、真山和森田在公寓中继续他们的生活。竹本和森田都对花本老师的堂兄弟女儿叶久美产生了爱慕之情，但两人表达感情的方式截然不同。竹本单纯迟钝，而森田则常常让人摸不着头脑。叶久美并未察觉到他们的心意，三人之间的关系逐渐变得微妙。
与此同时，真山对建筑设计师理花念念不忘，尽管理花仍沉浸在失去丈夫的悲痛中。真山也意识到同年级学生山田对自己的深情，但山田却无法向真山表达内心的爱意。故事以这两对三角关系为中心，描绘了他们各自在爱情中的迷茫与挣扎，展现了单相思的苦涩与甜蜜。