《创圣的大天使EVOL》讲述了创圣纪0011年的故事，地球因大异变而陷入危机。南极冰层溶解后，一万两千年前被毁灭的亚特兰迪亚重现，坠天翅族苏醒并开始对人类展开攻击。坠天翅族拥有高度智能与特殊力量，曾建立强大文明，并对无翼者（人类）进行捕杀。为对抗坠天翅族，人类从海底遗迹中挖掘出传说中的兵器——三架古文明战斗机Vector Machine，这些战斗机可以通过变形与合体化为人形兵器机械天使。新联合国设立了地球再生机构DEAVA，召集一群拥有特殊能力的少男少女，训练他们成为机械天使的驾驶员。主角阿玛塔·空与御子乃·铃白等人被卷入这场战斗，他们必须驾驶机械天使，与坠天翅族展开殊死搏斗，守护地球的未来。