2024年，MM制造公司"濑良野基因混合社"社长遭绑架。绑匪在收取赎金时，通过黑客技术在所有监控画面中植入笑脸标志后成功逃脱，被称为"笑面男"。六年后，这个神秘黑客再度现身网络社会。公安九课在少佐草薙素子带领下展开调查，发现笑面男与多年前一宗疫苗丑闻有关。随着调查深入，九课成员陷入笑面男精心设计的电子迷宫，双方在网络与现实世界展开激烈交锋。最终揭露了大型企业为掩盖疫苗副作用真相而操纵舆论的黑暗内幕，而笑面男的真实身份也令人震惊。这场特A级黑客与精英部队的巅峰对决，重新定义了信息时代正义与真相的边界。