在《精灵宝可梦 剧场版16：神速的盖诺赛克特 超梦觉醒》中，故事围绕着一群被改造的盖诺赛克特展开。这些宝可梦被人类科学家赋予了强大的力量，并被用于军事目的。然而，盖诺赛克特的首领——红色盖诺赛克特，带领着同伴们逃离了实验室，试图寻找新的家园。在旅途中，它们遇到了超梦，一只拥有强大超能力的宝可梦。超梦对盖诺赛克特的遭遇感到同情，并决定帮助它们对抗人类的追捕。与此同时，小智和他的伙伴们也卷入了这场冲突，试图在人类与宝可梦之间找到平衡。最终，超梦与盖诺赛克特联手，成功阻止了人类的阴谋，并找到了一个适合它们生存的新家园。