《精灵宝可梦 剧场版13：幻影的霸者索罗亚克》讲述了小智一行人前往王冠市观看“神奇宝贝足篮世界杯”的冒险故事。途中，他们遇到了一只名叫索罗亚的神奇宝贝，它拥有化身其他神奇宝贝或人类的能力，并能通过心电感应与人交流。索罗亚告诉小智，它需要前往王冠市帮助同伴。小智决定协助索罗亚，并一同前往王冠市。抵达后，他们发现王冠市正面临巨大的危机，索罗亚的同伴索罗亚克被卷入了一场阴谋。为了拯救索罗亚克和王冠市，小智和他的朋友们必须揭开背后的真相，并与强大的敌人展开激烈的战斗。最终，他们成功化解了危机，保护了王冠市的和平。