《兽之奏者艾琳》讲述了少女艾琳与母亲相依为命的故事。艾琳的母亲是一名兽医，负责照料用于战斗的五头斗蛇。然而，某天斗蛇突然全部死亡，母亲被视为失职，被处以活活被斗蛇吞食的残酷刑罚。年幼的艾琳试图救母亲，却险些一同丧命。关键时刻，母亲用指笛控制一头斗蛇将艾琳救出。成为孤儿的艾琳得到养蜂老人琼的帮助，开始独立生活。在山中，她遇见了翱翔天际的王兽，被其魅力深深吸引，决心成为王兽的医生。她进入卡扎姆王兽保护场学习，逐渐发现人类驱使王兽和斗蛇的无声兽笛会对动物造成负担，开始尝试与王兽交流，并完美模仿它们的发音。随着对王兽生态的了解加深，艾琳无意间成为真王与大公之外的新生力量，逐渐站在了足以左右王国命运的立场上。