《银河铁道之夜》讲述了主人公乔班尼的故事。乔班尼出身贫困，每天努力打工以养活生病的母亲。他的好朋友柯贝内拉家境富裕，家中藏书丰富，常常邀请乔班尼一起读书。一天，自然科学课上，老师展示了银河的图片并提问，乔班尼虽然知道答案，但因自卑而不敢回答，结果被同学嘲笑。柯贝内拉为了保全乔班尼的面子，也故意沉默不答，被老师和同学误解。银河节那天，乔班尼在路上遭到同学贾奈利的嘲弄，贾奈利和其他同学前往河边参加水灯大会，而乔班尼因要照顾母亲无法参加。疲惫不堪的他在山坡上休息时，突然听到奇怪的声音，睁开眼发现自己正与柯贝内拉乘坐一辆在银河轨道上行驶的列车，展开了一段奇幻的旅程。