《鲁邦三世：微风公主被隐藏的空中都市》的故事始于法国，反派与空中都市的王子带着一名婴儿乘坐飞艇，空贼潜入飞艇将婴儿劫走，鲁邦三世半路杀出争夺宝物。少女空贼尤缇卡试图阻拦，却反被鲁邦无意袭胸，恼羞成怒的她扇了鲁邦一耳光，导致鲁邦从飞艇上掉入塞纳河。鲁邦带着婴儿和一块记载了空族宝藏所在地的水晶回到据点，发现自己带回了一个婴儿，鲁邦与次元大介两个大男人陷入了照顾婴儿的困境。尽管如此，他们仍继续进行盗窃行动。直到钱形幸一警部追踪鲁邦来到罗马，反派与王子也委托钱形夺回婴儿。与此同时，反派的秘书竟是峰不二子。在一次盗窃行动中，鲁邦与次元被钱形追至古罗马斗兽场，尤缇卡趁机夺回婴儿逃回基地。然而，鲁邦尾随而至，意外发现空贼内部出现叛徒。最终，族长引爆基地与敌人同归于尽，鲁邦与次元带着婴儿与尤缇卡成功逃脱。