《枪神剧场版》讲述了一个荒漠化的移民星球上，仿如西部时代的小城镇中，价值六百亿的头号通缉犯瓦修·德·斯坦彼特的故事。他被誉为“世纪大台风”，拥有神乎其技的枪法，传说他会给所到之处带来杀戮与毁灭。赏金猎人络绎不绝前来捉拿他，但都以失败告终。保险调查员梅丽尔和米莉为阻止他再次破坏，展开了调查行动。在与瓦修接触后，两人发现他并非传说中的冷酷杀手，反而是一个温柔善良、尊重生命的人。瓦修一直在流浪，目的是寻找想毁灭人类的哥哥耐布兹。后来，瓦修一行人在沙漠中遇到了枪法与他不相上下的尼古拉斯，四人的冒险之旅自此展开。