在未来的世界中，人类文明高度发达，一种名为“武装神姬”的迷你机器人被开发出来。她们全部为女性形象，身长约为15厘米，对自己的主人表现出极度的忠诚与热情。为了主人、荣誉感或一时的冲动，这些武装神姬可以迅速装备精良的铠甲投入战斗。此外，人类还能通过虚拟同步设备控制她们的动作，进行激烈的对战。故事的主角是一名男孩翼羽，他梦想成为一名神姬大师。某天，他救下了一台被追击的安瓦尔Mk.II型武装神姬，但他并不知道这台神姬是试制机Type Zero One。随着剧情的发展，翼羽逐渐发现自己被卷入了一场更大的阴谋之中，他必须与自己的武装神姬并肩作战，揭开隐藏在背后的真相。