《失落的宇宙》讲述了“麻烦终结者”凯恩·布鲁里弗与他的智能立体AI凯娜儿驾驶遗失战舰“剑鱼号”在宇宙中冒险的故事。在一次非法文物拍卖事件中，凯恩遇见了立志成为“宇宙第一侦探”的少女米莉。米莉性格直率大胆，却总是因各种原因与梦想擦肩而过。三人因巧合结识，并成为战舰上的伙伴。他们共同解决宇宙中的各种委托和任务，逐渐卷入一个名为“恶梦”的神秘组织的阴谋中。“恶梦”计划利用遗失战舰的力量将恐惧与绝望播撒整个宇宙。随着事件的深入，凯恩逐渐揭开真相，发现自己与“恶梦”组织有着千丝万缕的联系。为了阻止“恶梦”的计划，凯恩必须做出艰难的决定，迎接最终的战斗。