少年八坂一在13岁的暑假来到一家名叫“方舟”的咖啡店。他在那里遇到一位留有一头乌黑长发、感觉非常传统的女服务生岚山小夜子，并对她一见钟情。然而，八坂很快得知小夜子竟是来自60年前的女性。小夜子在60年前突然获得了穿越时空的能力，但这种能力无法单独使用，必须与拥有相同能力的人“牵手”才能实现。两人开始共同穿越时空，经历各种奇妙的冒险。与此同时，咖啡店的老板娘、戴着墨镜的神秘男子、同样是初中生的上贺茂润，以及德国少女可雅也加入了他们的行列。在这家充满怀旧气息的“方舟”咖啡店里，少男少女们度过了一个难忘的暑假，探索过去与现在的交织，揭开隐藏在时光背后的秘密。