自从中东乌拉圭的遗迹调查设施“天国之门”发生大爆炸，即“双X事件”后，世界经历了巨大的变化。这场事件被认为是历史上最大的灾难，天空被名为“Sheltering Sky”的镜面封闭，地磁场异常，导致以电脑为主的电子设备全部失效，人类生活回到了过去的时代。被认定为事件主犯的圆輝道博士的子女——龙也和紀世子，承受着世间的嘲讽与母亲留下的巨额债务，过着逃避债主的生活。一个下雨天，两人在一座西式建筑中遇到了三位青年，命运的齿轮开始转动，将他们带向未知的未来。双X事件的真正原因是什么？天国之门的秘密又是什么？圆博士与GILGAMESH、露加与伯爵夫人的真实意图逐渐浮出水面，各种谜团交织，一场关乎世界命运的战斗即将展开。