《重启咲良田》的故事發生在一條名為咲良田的街道，這裡半數居民都擁有特殊能力。在“管理局”的監視下，居民們過著平靜的生活。淺井惠擁有“記憶保持”能力，能夠完整回想起過去的所有經歷；春埼美空則擁有“重啟”能力，可以將世界倒帶最多三天。美空因“重啟”而失去了部分記憶，但與惠合作，兩人能夠改變過去並影響現在。然而，兩年前的同級生相麻堇因“重啟”而消失，這段過去無法被改變。兩人加入了“服務社團”，接受學生們的委託，同時尋找讓相麻堇復活的方法。某天，他們接到了一個委託——“希望讓死去的貓復活”。為了消除過去的悲傷，少年與少女穿越時間，試圖改變世界。