《剧场版 银河机攻队Majestic Prince 觉醒的基因》讲述了人类成功踏入宇宙并掌控众多资源小行星，本以为未来与繁荣即将到来。然而，自称泛银河统一帝国的神秘势力“乌尔伽尔”突然对人类发起攻击，地球陷入生死存亡的危机。为了应对这一威胁，通过基因调整诞生的五位少年少女——“Team Rabbits”成员出、浅木、惠、环和骏河，驾驶最新锐战斗装置“AHSMB”投入战斗。在最终的决战中，他们成功击退了乌尔伽尔的部队，但在战斗中，出却发生了意想不到的变化。正当团队以为危机解除时，新的外敌与挑战悄然降临，等待着他们的将是更为艰巨的战斗。