《驭龙少年》讲述了主人公大空零士的故事。他是一个做什么事都没干劲且三分钟热度的少年，直到有一天被青梅竹马雪野麻衣子带入一个名为“DRAGON DRIVE”的虚拟娱乐游戏。游戏中，玩家可以驾驭各种战龙进行战斗。零士注册后，意外获得了一条战斗力为0的小龙——小助。然而，这条看似废物的龙却拥有惊人的成长潜力，其释放的能量连游戏中的冠军也难以抵挡。某天，正当零士在虚拟空间中与麻衣子等人进行战斗练习时，一条金色巨龙突然出现，将他们带到了一个与地球相反的世界——里球。在这个陌生的世界中，零士与小助开始了全新的冒险，逐渐揭开隐藏在这个世界背后的秘密。