《魔法阵都市》的故事发生在西历2023年的东京，这座被称为魔法阵都市的地方突然出现了名为路西法霍克的魔物，开始袭击人类。为了对抗这些妖魔，人类迅速成立了名为对妖魔特殊警察AMP的组织。女主角香津美·立吉尔在得知母亲去世的消息后，前往东京，并加入了AMP。到了2029年，东京的环境污染日益严重，天空被密云遮蔽，酸雨不断。与此同时，来自异次元世界Lucifer Hawk的妖魔频繁出现，引发了一系列怪异事件，社会陷入恐慌。AMP由六名拥有不同能力和命运的女子组成，她们肩负着保护社会安全并净化妖魔的使命。故事的核心围绕着通往Nemesis的禁忌之门为何被打开展开，唯一知道答案的魔法士已经去世，而他的女儿胜美将代替父亲承担起连接人间界与魔界的宿命。