《超能奇兵》的故事发生在一块失落的大陆上，这里的居民因大陆的影响，部分人获得了超能力。主角刘凤和一马原本是对立的两人，他们因理念不同而各自为不同的阵营服务。刘凤为政府效力，利用超能力战士镇压原住民中的超能力者，维持秩序；而一马则被视为反派，为原住民争取真正的自由与独立。一马坚信自由必须靠自己争取，而非他人给予。在一场意外中，刘凤失忆并流落到失落大陆，亲身经历了许多事情后，他意识到自己过去的观念是错误的，于是选择站在原住民一边。然而，这一决定使他遭到原组织的追杀。最终，刘凤了解了一切真相，与一马成为并肩作战的战友，决心共同对抗造成这一切的幕后黑手。