《科学小飞侠Crowds SP》讲述了在2015年的东京都立川市，高科技的智能手机和社交网络已成为人们生活中不可或缺的一部分。城市中突然出现名为“MESS”的未知存在引发骚乱，主角一之濑初等人作为“Gatchaman”成员，利用特殊笔记本“NOTE”将灵魂能力实体化为铠甲，以此介入事件维护和平。与此同时，社交媒体“GALAX”正悄然改变城市，其名人“LOAD”质疑“Gatchaman”的意义。通过“GALAX”，用户“GALAXER”能在人工智能“X总裁”指导下互助解决危机，创始人试图借此建立理想社会。故事围绕新旧力量的碰撞，探讨科技与社会的关系。