《飞天少女猪》讲述了一名普通初中生国分果林的奇妙经历。果林性格开朗活泼，但有些冒失。在上学的第一天，她因饿着肚子救了一只小猪，小猪送给她一个猪型镜盒。当她念出咒语“爱心猪唛”时，镜盒会让她变身成超级女英雄宝妮。然而，果林变身的并不是想象中的女侠，而是一头粉红色的飞天肥猪！宝妮的任务是像超人一样四处飞翔帮助他人。此外，果林还得到一个会出珍珠的贝壳，只要集齐108粒珍珠，她就能变身成任何她喜欢的女英雄。果林对这个承诺充满期待，并尽心尽力帮助他人，希望能早日成为她心目中的超级女英雄。故事还围绕果林与朋友们的校园生活展开，他们在一起时常闹出许多搞笑的情节。