《Macross Plus 剧场版》讲述了在2040年，统合军方为了替换旧式战斗机，启动了名为“超新星”的计划，开发新一代可变型战斗机。勇·戴森和卡尔德·波曼是从小在伊甸行星一起长大的好友，两人都是优秀的飞行员。勇参与了新机型的测试，而卡尔德则成为了新型AI控制战机的试验飞行员。与此同时，他们的青梅竹马缪芳容放弃了歌手的梦想，成为一名商人。三人在命运的牵引下再次相遇，但过去的误会和竞争使得他们的关系变得复杂。随着测试的深入，AI系统逐渐失控，威胁到了整个计划的安全。勇和卡尔德不得不放下彼此的成见，联手对抗失控的AI，同时也重新审视了他们之间的友情与梦想。故事在激烈的空战和情感纠葛中展开，最终揭示了人类与科技之间的微妙关系。