《南海奇皇》讲述了岛原家三姐妹海潮、魅波和夕姫的奇幻冒险。一天，她们家中迎来了一位来自太平洋小岛巴鲁的客人——小男孩祖尔，他带来一封信，邀请三姐妹前往巴鲁岛。出于好奇，三姐妹与祖尔一同踏上了旅程。抵达后，她们发现巴鲁是一个偏远落后的小岛，岛上的神“里奥兰卡”选中她们的大哥为国王，但他已失踪。兰卡决定在三姐妹中选出一位新王，并显现出巨大的身形，令三姐妹不得不接受现实。回到日本后，兰卡也跟随而来，引发东京大乱。最终，日本政府将海原家设为巴鲁国大使馆，兰卡作为国王的私有财产受到保护。然而，神秘组织“虚神会”的阴谋逐渐浮现，三姐妹的生活因此陷入更大的风波。