《忍者战士飞影》是一部科幻热血动画，背景设定在西历2200年，地球因气候恶劣和人口暴涨导致食物短缺与犯罪率激增。人类转向月球和火星开发新天地以求生存。主角真野锭是一个正义感强烈的少年，自幼随父亲移居火星。在他即将迎来16岁生日的前一天，锭与朋友们目睹了一场外星人之间的激战。一方是从Rudorio星球逃出的罗米娜公主及其飞船艾尔夏克，另一方则是来自Zaboom星球、追杀罗米娜的皇帝阿列克斯与司令官古拉萨。锭被卷入这场纷争，并与罗米娜公主并肩作战，逐渐揭开了隐藏在宇宙中的巨大阴谋。故事展现了锭与伙伴们为保护和平而战斗的冒险历程。