2018年，日本突然出现神秘物体“ヘテロダイン”，军队对其发动全面攻击却毫无效果，最终只能通过使用OE武器的惨痛代价才得以结束。为了击退这些神秘物体，联合国安全保障军建造了超级机器人“大铁卫”，并基于“界震灾害关连法”将对抗ヘテロダイン的部队民营化，交由民间警备公司“21世纪警备保障”管理。此后12年间，ヘテロダイン未再出现，大铁卫逐渐被遗忘，甚至由企画开发部的“宣传2课”负责其维修管理。然而，2030年秋天，热海再次出现ヘテロダイン。21世纪警备保障公司职员兼大铁卫驾驶员赤木骏介无视避难命令，启动大铁卫，为灾害支援而出动，揭开了新的战斗序幕。