《神魂合体GODANNAR！！ 第二季》延续了第一季的故事。在西元2042年，人类与神秘的巨大“拟态生物”展开激烈战斗。猿渡刚是超级机器人Godannar的驾驶员，五年前在一场战斗中失去了他的爱人兼战友米拉·阿克曼，但救下了一个名为杏奈的小女孩。五年后，刚决定与已成为专业机器人驾驶员的杏奈结婚。然而，婚礼当天，刚被紧急召集前往战场，留下杏奈独自面对突如其来的变故。与此同时，原本被认为已死的米拉突然出现，但她的记忆完全丧失。米拉的存在让杏奈陷入感情与事业的困境，甚至失去了OKUSAN机器人的驾驶资格。面对感情的纠葛与战斗的压力，杏奈一度决定放弃DANNAR工作组。然而，地球的命运岌岌可危，她必须重新振作，与刚一起对抗拟态生物，守护人类的未来。