《莉可丽丝》讲述了一个看似平静的日常世界中，隐藏着秘密组织“DA（Direct Attack）”的故事。DA的成员是一群被称为“LYCORIS”的少女特工，她们的任务是防范犯罪，维护社会的安全。锦木千束是历代最强的LYCORIS，性格自由奔放、热爱和平；井上泷奈则是一位冷静高效的特工，两人共同在咖啡厅“LycoReco”支部工作。这家咖啡厅不仅是她们的据点，还承接各种日常委托，如照顾孩子、代购、教授日语等。千束和泷奈性格迥异，却在工作中形成了独特的默契，两人的日常充满了欢笑与波折，同时也揭开了隐藏在平静表面下的种种秘密与挑战。