《名侦探柯南：贝克街的亡灵》讲述柯南、小兰等人参加米花市政大厅举行的最新游戏“茧”的发布会。这款游戏可能彻底改变全球游戏产业，吸引了日本上流社会的各界人士及其后代参与体验。游戏研发者坚村在地下室被杀，临死前留下“JTR”血迹线索。柯南推测答案可能在游戏中，便利用父亲工藤优作的关系加入体验队伍。50名体验者进入“茧”后，游戏被人工智能“诺亚方舟”控制，宣称将通过五个真实历史场景淘汰玩家，若无人胜出，他们的大脑将被摧毁，以此促使日本社会重生。柯南一行与几名上流社会的年轻人进入19世纪伦敦的贝克街，那里正发生开膛手杰克的连环杀人案，柯南必须找到真相以拯救所有人。与此同时，优作在现实中也展开调查。