《希德尼娅的骑士织爱之星》讲述了一个在太阳系被异生物奇居子摧毁后，幸存的人类乘坐巨大宇宙播种船希德尼娅在宇宙中漂泊的故事。经过1000年，希德尼娅出航纪元1009年，少年谷风长道从地下层来到上层市区，进入巨大人型兵器“卫人”的操控师训练学校，首次接触外界社会。在这里，他遇到了令他初次产生异性意识的星白闲，以及无性别的友人科戸濑伊佐奈。同时，他也结识了竞争对手岐神海苔夫。在与同伴们的校园生活中，谷风长道迎来了首次任务，然而在执行任务时，沉寂百年的奇居子突然出现，人类再次面临灭绝的危机。谷风长道必须在生死关头做出抉择，带领人类迎战未知的威胁。