《刀剑神域进击篇:暮色黄昏》讲述了中学三年级少女结城明日奈（亚丝娜）偶然接触到VRMMORPG游戏《Sword Art Online》并被困其中的故事。游戏管理员宣布，玩家在游戏中死亡也会在现实世界中死去，这一消息引发了玩家们的恐慌。亚丝娜在绝望中努力求生，逐渐适应了这个危险的世界。在攻略艾恩葛朗特的第一层后，她与桐人搭档，继续向更高层进发。然而，两大精英公会“ALS”和“DKB”之间的矛盾逐渐加剧，玩家们的团结面临考验。亚丝娜在与桐人的合作中，逐渐找到了自己的战斗意义，并在生死边缘的经历中与他建立了深厚的羁绊。