《黑衣警探第二季》延续了第一季的科幻冒险风格，讲述了特工K和J这对搭档继续为秘密政府组织MIB工作的故事。他们负责监管隐藏在地球上的外星移民，处理各种外星犯罪事件。本季中，两人面对了更强大的外星威胁，包括试图入侵地球的外星军阀和危险的星际走私集团。与此同时，J逐渐适应了MIB的工作，而K则继续以他标志性的冷幽默和丰富经验指导着搭档。新加入的成员为团队带来了更多活力，他们共同破解了一系列离奇案件，从外星生物失控到高科技武器失窃，在紧张刺激的任务中穿插着无厘头的搞笑桥段。随着剧情发展，J也开始接触到组织更深层的秘密，包括K不为人知的过去。