《马达加斯加企鹅第三季》继续讲述四只企鹅——冷静的老大Skipper、机智的Kowalski、天真的Private和疯狂的Rico在纽约动物园的冒险故事。尽管被关在围栏中，但这四兄弟依然凭借各自的技能，在繁华的纽约展开了一系列令人惊叹的冒险。与此同时，自恋的狐猴朱利安国王14世和他的随从大毛Maurice、小毛Mort也来到美国，开始了他们全新的生活。动物与人类、原始与文明的碰撞，引发了一连串有趣的故事。本季延续了前两季的搞笑风格，展现了企鹅们的机智与勇敢，同时也加入了更多新鲜的角色和情节，带给观众更多欢乐与惊喜。