《妙手仁心3》讲述了香港SARS疫潮过后，医务精英们面对生活与情感的双重挑战。脑外科医生程至美得知前女友的死讯，情绪崩溃，法医岑雅晴陪伴他重建信心。急症室医生黎国柱结束了恋情，却陷入与骨科医生叶淘及见习医生曾淑淇的三角恋中。心脏科医生林敏智因SARS后遗症隐瞒病情，面临职业与健康的抉择。肿瘤科医生满月的姐姐新月是律师，与黎国柱重逢后旧情复燃，但两人之间的误会与过往纠葛令感情复杂。与此同时，急症室医生裕则在护士长霞与见习医生冬之间难以抉择。在忙碌的医疗工作中，这群医生不仅要救死扶伤，还需面对各自的情感困惑与人生抉择，最终在困境中找到自我与真爱。