《亚刻奥特曼[日语版]》讲述了一个年轻的主角优马加入怪兽防灾科学调查所（简称“怪科调”）的故事。怪科调是一个专门负责预防、调查怪兽灾害及其灾后处理的组织。优马以“守护大家”为信条，每天都努力工作。某天，地球防卫队派来了名为石堂柊的成员，怪科调一行人开始追踪一只名为夏贡的怪兽的踪迹，却在过程中陷入了危险之中。就在危急关头，优马面前出现了一位神秘的存在——亚刻奥特曼，他拥有强大的力量，能够对抗怪兽并保护地球。随着故事的展开，优马逐渐认识到自己的使命，并与亚刻奥特曼携手面对各种怪兽的威胁，共同守护人类的安全。