樱田纯是一名不愿上学而长期不出家门的中学生，热衷于上网购物，喜欢在购买物品后的退货限期内退回物品。有一天收到一封自称是人工精灵荷里耶的来信，上面只写着“上发条”、“不上发条”的选项，在好奇心的驱使下选择了“上发条”，之后房间就出现了一个没有署名的神秘皮箱，里面装着一个美丽精致的人偶少女。纯为她上紧发条后，人偶苏醒并自称是蔷薇少女真红。真红告诉纯，她是七位蔷薇少女之一，她们是由人偶师罗真创造，目的是通过战斗选出最完美的“爱丽丝”。纯被迫卷入蔷薇少女之间的战斗，成为真红的媒介，协助她与其他蔷薇少女争夺爱丽丝之位。随着故事展开，纯逐渐了解到蔷薇少女们的过去和罗真的真正意图，同时也面临着巨大的挑战和危险。