《四月一日灵异事件簿第二季》延续了第一季的故事线，讲述了能看见妖怪的少年四月一日君寻在壹原侑子的店中继续打工的经历。侑子是一位神秘的魔女，她的店能够实现任何愿望，但代价也必须对等。四月一日为了摆脱能看见妖怪的困扰，答应在店里打工作为代价。在第二季中，四月一日遇到了更多奇异的客人，经历了各种超自然事件，逐渐加深了对妖怪世界的理解。与此同时，他也开始思考自己与妖怪的关系，以及愿望与代价的真正意义。故事通过一个个怪诞的事件，展现了四月一日的成长与内心的变化，同时也探讨了人类与妖怪之间复杂而微妙的关系。