《双重任务》讲述了在解放战争后期，我军西线围歼战役即将胜利之际，国民党西线部队独立团趁夜向西逃窜。上级调派某师前往东线，该师派出庄连长带领小分队，在当地军分区的配合下继续追击敌军。国民党残部隐匿在黑山寺，且士兵中爆发传染病。庄连长奉命保护百姓、减少伤亡，设法迫降敌军并给予救治。他得知当地医生韦医生心向共产党且医术高超，前往寻找，却得知韦医生已被敌军骗上山。庄连长等人假扮韦医生的助手进入寺院，与韦医生合作治疗病人，阻断疫情蔓延，同时了解坑道结构。最终，我方控制了疫情，并通过坑道救出希望脱离国民党的士兵。国民党独立团残部掌控的黑山寺恢复安定，疫情未扩散，特殊的剿匪与解救任务圆满完成。