《廉政追缉令》讲述了廉政公署的精英团队廉志刚、叶帼英、方卓文、简鸣晖、罗家杰和刘芷珊等人合力侦破一系列复杂贪污案件的故事。他们面对的案件包括警务人员包庇、地产商勾结代理进行内幕认购、消防员贪污以及不法商人进行军火买卖等。这些案件涉及错综复杂的人际关系、权力斗争和金钱诱惑，但团队成员凭借敏锐的洞察力和坚定的决心，逐一揭开真相。在工作中，他们默契配合，全力破案；而在私底下，他们的感情也悄然发展。方卓文和简鸣晖因长期相处而坠入爱河，廉志刚和叶帼英则展开了一段微妙的地下情。罗家杰和刘芷珊本是公认的一对，但家杰因芷珊出身豪门感到自卑，最终为追求物质享受走上违法之路，与非法分子联手，与昔日的同事为敌。故事展现了他们在正义与私欲之间的挣扎与抉择。